Comparison of Real-time Signals using White or Clear Microplates
Analytik-jena의 'Application Note•q TOWER³'을 이용한 응용자료는 어날리틱예나코리아(유)에서 제공하였으며 주요 내용은 다음과 같다.
Introduction
q PCR을 위한 96 Well plate format은 다양한 형태로 공급되어 지고 있는데, 크게 3가지 타입으로 구분 된다.
1. Standard clear 2. Opaque black 3. White: Plate 타입별 특징을 보면,
1. Standard Clear plate는 Well 내부가 선명하게 보이기 때문에 Reagent 주입 여부 확인이 편리하나, Well 내 Light scattering(빛분산)으로 Signal 감소에 영향을 준다.
2. Black plate는 Back ground reading 값이 적어 Noise 발생이 적음.
3. White plate는 세 가지 타입 중 성능면에서 가장 높은 Intensity signal 결과제공. Clear plate의 경우 Well 내에서 Light scattering(빛분산) 때문에 Intensity 손실로 Signal 감소에 영향을 주지만, White plate는 불투명한 재질로써, Well 내에서 빛을 모아주기 때문에 High intensity signal & Ct value를 보여준다.
Materials and Methods
Chemicals and consumables
- 2x innuMIX q PCR MasterMIX SyGreen
- Tobacco gDNA (1x 106 copies), Tobacco specific primers (Actin gene) and water for molecular biology
- 0.2mL 96 Well microplate, White, Frame
Table 1: Preparation of qPCR master mix for 1 sample
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Table 2: Preparation dilution series
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Introduction
: The q TOWER³ including the Color Module 1 (470nm / 520nm) was used for the measurements.
Table 3 : Temperature and time protocol
* Data acquisition: Color Module 1 (470-520nm) and Gain 5
Fig 1: Plate layout for q PCR run
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Results and Discussion
: Figure 2에서는 Tobacco gDNA에 Actin-gene specific primer를 사용하여 101 ~ 106까지 Serial dilution 한 시료의 증폭 곡선을 보여주었다. White microplates 사용한 정량분석 시 Transparent plate와 비교 시 4배 높은 형광감도를 보였다.
•Black plots: R²= 0.99943, efficiency = 0.99, signal intensity > 40.000 IU
•Red plots: R²= 0.99931, efficiency = 0.98, signal intensity > 10.000 I
Fig. 2: 절대정량-두종류 Plastic의 Amplification plots과 White plastic ware의 표준곡선을 보여줌.
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: Table 4에서는 Clear microplate의 Ct 값은 White plate에 비해 약 2 Cycle 정도 더 높은 값을 가지는 결과를 보여준다.
: 불투명한 White plate(Analytik-jena)의 사용은 Detector로 반사되어 오는 빛의 양을 최적화시켜주기 때문에 q PCR signal 강화에 영향을 준다.
상기 테스트 결과에서 보듯이, 이것은 q PCR assay sensitivity와 Intensity를 향상시켜주게 되는데, 저농도 샘플에서도 Detection을 가능하게 하는 중요한 요소이다. 테스트에서 사용된 InnuMIX qPCR MasterMIX SyGreen(Analytik Jena)은 q TOWER³와 최고의 조합으로 이상적인 결과를 제공한다.
또한 q TOWER³ 뿐만 아니라 일반적인 q PCR 기기에서 DNA uploadlate including genomic, cDNA 그리고 Viral sequences 테스트에서도 입증되어졌다.
특히 매우 저농도에서도 높은 증폭 효율을 보였다. Primer dimer의 형성과, Non-specific product 생성을 예방하여, Reaction sensitivity와 Specificity 향상시켜주었다.
Table 4 : Comparison of Ct values
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Analytik-jena의 'Application Note•q TOWER³'에 대한 궁금한 내용은 본 원고자료를 제공한 어날리틱예나코리아(유)를 통하여 확인할 수 있다.
Reference(참고문헌): Analytik-jena Application note.
Model Name(모델명): q TOWER³
The Person in Charge(담당자): Kim Yeonhui
Maker(제조사): Analytik-jena
Country of Origin(원산지): Germany
Data Services(자료제공): Analytik-Jena Korea
<이 기사는 사이언스21 매거진 2020년 7월호에 게재 되었습니다.> |
Comparison of Real-time Signals using White or Clear MicroplatesAnalytik-jena의 'Application Note•q TOWER³'을 이용한 응용자료는 어날리틱예나코리아(유)에서 제공하였으며 주요 내용은 다음과 같다.Introductionq PCR을 위한 96 Well plate format은 다양한 형태로 공급되어 지고 있는데, 크게 3가지 타입으로 구분 된다.1. Standard clear 2. Opaque black 3. White: Plate 타입별 특징을 보면,1. Standard Clear plate는 Well 내부가 선명하게 보이기 때문에 Reagent 주입 여부 확인이 편리하나, Well 내 Light scattering(빛분산)으로 Signal 감소에 영향을 준다.2. Black plate는 Back ground reading 값이 적어 Noise 발생이 적음.3. White plate는 세 가지 타입 중 성능면에서 가장 높은 Intensity signal 결과제공. Clear plate의 경우 Well 내에서 Light scattering(빛분산) 때문에 Intensity 손실로 Signal 감소에 영향을 주지만, White plate는 불투명한 재질로써, Well 내에서 빛을 모아주기 때문에 High intensity signal & Ct value를 보여준다.Materials and MethodsChemicals and consumables- 2x innuMIX q PCR MasterMIX SyGreen- Tobacco gDNA (1x 106 copies), Tobacco specific primers (Actin gene) and water for molecular biology- 0.2mL 96 Well microplate, White, Frame
Table 1: Preparation of qPCR master mix for 1 sample
Table 2: Preparation dilution seriesIntroduction: The q TOWER³ including the Color Module 1 (470nm / 520nm) was used for the measurements.
Table 3 : Temperature and time protocol* Data acquisition: Color Module 1 (470-520nm) and Gain 5
Fig 1: Plate layout for q PCR runResults and Discussion: Figure 2에서는 Tobacco gDNA에 Actin-gene specific primer를 사용하여 101 ~ 106까지 Serial dilution 한 시료의 증폭 곡선을 보여주었다. White microplates 사용한 정량분석 시 Transparent plate와 비교 시 4배 높은 형광감도를 보였다.
•Black plots: R²= 0.99943, efficiency = 0.99, signal intensity > 40.000 IU•Red plots: R²= 0.99931, efficiency = 0.98, signal intensity > 10.000 I
Fig. 2: 절대정량-두종류 Plastic의 Amplification plots과 White plastic ware의 표준곡선을 보여줌.: Table 4에서는 Clear microplate의 Ct 값은 White plate에 비해 약 2 Cycle 정도 더 높은 값을 가지는 결과를 보여준다.: 불투명한 White plate(Analytik-jena)의 사용은 Detector로 반사되어 오는 빛의 양을 최적화시켜주기 때문에 q PCR signal 강화에 영향을 준다.상기 테스트 결과에서 보듯이, 이것은 q PCR assay sensitivity와 Intensity를 향상시켜주게 되는데, 저농도 샘플에서도 Detection을 가능하게 하는 중요한 요소이다. 테스트에서 사용된 InnuMIX qPCR MasterMIX SyGreen(Analytik Jena)은 q TOWER³와 최고의 조합으로 이상적인 결과를 제공한다.또한 q TOWER³ 뿐만 아니라 일반적인 q PCR 기기에서 DNA uploadlate including genomic, cDNA 그리고 Viral sequences 테스트에서도 입증되어졌다.특히 매우 저농도에서도 높은 증폭 효율을 보였다. Primer dimer의 형성과, Non-specific product 생성을 예방하여, Reaction sensitivity와 Specificity 향상시켜주었다.
Table 4 : Comparison of Ct valuesAnalytik-jena의 'Application Note•q TOWER³'에 대한 궁금한 내용은 본 원고자료를 제공한 어날리틱예나코리아(유)를 통하여 확인할 수 있다.Reference(참고문헌): Analytik-jena Application note.Model Name(모델명): q TOWER³The Person in Charge(담당자): Kim YeonhuiMaker(제조사): Analytik-jenaCountry of Origin(원산지): Germanye-mail: lssales@analytik-jena.krData Services(자료제공): Analytik-Jena Korea<이 기사는 사이언스21 매거진 2020년 7월호에 게재 되었습니다.>