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Application Note·q TOWER³


Analytik-jena의 'Application Note·q TOWER³'를 이용한 응용자료는 어날리틱예나코리아(유)에서 제공하였으며 주요 내용은 다음과 같다.

Introduction
real-time PCR Assay의 유효성은 PCR Efficiency, Reproducibility, Specificity, Sensitivity와 같은 4가지 Properties로 특징되어 진다.
PCR assay에 있어 Primer design, Plastic ware, Master mix, real-time PCR cycler의 성능과 같은 몇가지 요인이 Assay시 중요한 영향을 줄 수 있다. 이러한 이유로, 많은 연구원들은 PCR Assay에 영향을 줄 수 있는 요인을 최소화할 수 있는 Properties를 가진 real-time PCR cycler를 선호한다.
PCR Assay시 가장 어려운 부분중 하나는 Small dilution step(ex 1:1.5)을 구별하는 것인데, 이는 각 제조사가 보유한 4가지 Properties에 따라 다른 결과를 제공한다.
본 응용자료에서는 Analytik Jena의 q TOWER³ G touch system의 Small dilution step(1:1.5) 테스트 결과를 보여준다.

Materials and Methods
•Primers: 16S rRNA gene of E. coli 20μl reaction volume for each concentration.
(Amplification of a 120bp fragment in seven dilution steps with six replicates)
•Master mix: innuMIX qPCR SyGreen Sensitive(Analytik Jena).
•The time-uploaderature-profile:

•Melting curve: 60-95°C, 15sec equilibration and 1°C increment

Instrumentation
q TOWER³ G touch for SyGreen = Color module 1(470nm/520nm, gain = 5)

Results
1.5배 Dilution series의 Linear regression 분석 결과 - PCR Efficiency 97%(Slope = -3.41), R²= 0.998
Figure 1: Amplification plot for 6-time 1.5-fold dilution of E. coli genomic DNA, amplified using primers specific for 16S rRNA gene. With automated threshold settings results are as follows for Ct (SD): 106 copies, dark red = 16.11 (0.04); 6,67·105 copies, light green = 16.83 (0.05); 4.44·105 copies, dark blue = 17.31 (0.04); 2.96·105 co pies, green = 18.05 (0.03); 1.98·105 copies, red = 18.59 (0.03); 1.3 2·105 copies, yellow = 19.18 (0.03); 8.78·104, blue = 19.72 (0.03).

Figure 2: Melting peaks of the PCR amplicons result in a melting uploaderature of 78.80°C with a SD of 0.13°C.

Conclusion
테스트를 통하여, Analytik Jena q TOWER³ G touch는 미세한 농도 변화를 감지하고 명확하게 구별할 수 있음을 보여 주었다.
이는 Small dilution(1.5-fold dilution series)에서, PCR Efficiency 97% 와 R² 는 0.998를 보여주어, 고정밀도 장비임이 입증되었다.

Analytik-jena의 'Application Note·q TOWER³'에 대한 궁금한 내용은 본 원고자료를 제공한 어날리틱예나코리아(유)를 통하여 확인할 수 있다.

Reference(참고문헌): Analytik- jena Application note

Model Name(모델명): q TOWER ³ G touch
The Person in Charge(담당자): YeonHee Kim
Maker(제조사): Analytik-jena
Country of Origin(원산지): Germany
e-mail: lssales@analytik-jena.kr
Data Services(자료제공): Analytik-jena Korea

<이 기사는 사이언스21 매거진 2020년 11월호에 게재 되었습니다.>

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